Konfrontasi antara Indonesia dan Malaysia dari tahun 1963 hingga 1966 berlaku disebabkan oleh ketidaksetujuan Indonesia mengenai pembentukan negara Malaysia, yang termasuk Persekutuan Tanah Melayu, Sarawak, Sabah dan Singapura.
Presiden Indonesia ketika itu, Sukarno, memulakan konflik ini kerana dia mempunyai impian besar untuk menentang penjajahan di kawasan nusantara. Awalnya, Indonesia menyokong penubuhan Malaysia, dengan Menteri Luar Indonesia, Dr. Subandrio, mengucapkan tahniah kepada usaha tersebut. Namun, pendirian Indonesia berubah dan bergerak ke arah menentang pembentukan Malaysia.
Ego Sukarno yang tinggi membuatnya dengan terus terang mengkritik dan mengecam Malaysia dalam Sidang Kemuncak yang diadakan di Manila lalu, memutuskan hubungan politik, ekonomi dan sosial dengan Persekutuan Tanah Melayu. Konfrontasi ini mencapai kepuncaknya apabila demonstrasi anti-Indonesia berlaku di Kuala Lumpur, para penunjuk perasaan mengepung bangunan Duta Indonesia di mana gambar Soekarno dan lambang negara Indonesia Garuda Pancasila dikoyakkan oleh para penunjuk perasaan. Ini menjadikan alasan Sukarno untuk melancarkan operasi yang dikenali sebagai “Ganyang Malaysia”.
Perdana Menteri Malaysia ketika itu, Tunku Abdul Rahman, menafikan tuduhan bahwa dia sendiri telah memijak-mijak simbol negara Indonesia, dan mempersoalkan tindakan tersebut. Hingga kini, tiada bukti kukuh yang menunjukkan bahawa Tunku sendiri terlibat dalam perbuatan itu.
Pada 20 Januari 1963, Dr. Subandrio mengumumkan konfrontasi secara rasmi terhadap Malaysia. Kepala Staff Strategik Angkatan Darat Indonesia, Jeneral Achmad Yani dari Indonesia menasihati Sukarno untuk tidak melanjutkan konfrontasi ini, tetapi nasihat tersebut tidak diendahkan. Ini menyebabkan campurtangan tentera British dan Australia yang juga akan berhadapan dengan Tentera Nasional Indonesia.
Selama konfrontasi ini, berlaku beberapa pertempuran dan insiden ketenteraan yang melibatkan operasi gerila, sabotaj, dan serangan-serangan oleh Tentera Nasional Indonesia ke atas kawasan Sabah dan Sarawak telah berlaku. Tentera Malaysia, dengan sokongan dari tentera British dan Australia, berjaya bertindak mempertahankan wilayah tersebut. Setiap serangan yang dilakukan oleh Tentera Nasional Indonesia menemui jalan buntu dan mengakibatkan angka kematian di pihak Tentera Nasional Indonesia lebih tinggi.
Perubahan dalam pemerintahan Indonesia dari Presiden Sukarno kepada Presiden Suharto menjadi titik tolak penting dalam menyelesaikan konfrontasi dengan Malaysia. Suharto, yang lebih berserdehana berbanding Sukarno, lebih terbuka kepada perundingan dan penyelesaian damai.
Melalui beberapa sesi perundingan dan diplomasi, kedua-dua negara berjaya mencapai kesepakatan untuk mengakhiri konflik. Salah satu peristwa penting dalam proses ini ialah penandatanganan Perjanjian Bangkok pada 1 Jun 1967, yang secara rasmi menandakan akhir konfrontasi dan memulakan era baru hubungan antara Malaysia dan Indonesia.
Setelah penyelesaian konfrontasi ini, fokus kedua-dua negara beralih kepada pembangunan ekonomi, sosial dan politik mereka sendiri. Hubungan bilateral antara Malaysia dan Indonesia pun bertambah baik, termasuk dalam bidang perdagangan, pendidikan, dan kerjasama serantau.
